A los once años de su fundación, la Institución Fernando el Católico, de la Diputación de Zaragoza, y adscrita al CSIC, (Centro Superior de Investigaciones Científicas) creó en 1954 su primera filial en Calatayud, el Centro de Estudios Bilbilitanos, surgido por iniciativa de un grupo de intelectuales de la ciudad. Durante sus primeros veinticinco años su actividad abarcaba cualquier aspecto de la vida cultural (por entonces no muy floreciente), y llegaba al público sobre todo mediante conferencias. A partir de 1979 se inicia la labor editorial, que básicamente tiene tres líneas: la literaria, especialmente sobre poesía, la reedición facsimilar de obras antiguas interesantes ya agotadas, y la principal, trabajos de investigación sobre la ciudad y su comarca, bien estudios monográficos o Actas de reuniones científicas. Estas reuniones comenzaron en 1982 con la convocatoria del primero de los Encuentros de Estudios Bilbilitanos, que se celebran cada tres años, habiendo tenido lugar el último en 2000. Otras se convocan ocasionalmente, como el Simposio sobre el Cid en el Valle del Jalón (1989) o las Jornadas sobre el VI Centenario del Papa Luna (1994).Desde 2001 tiene su sede en la emblemática Puerta de Terrer construida hacia 1600 y reformada en el siglo XIX. Dispone de biblioteca , que se nutre básicamente de intercambios con otras instituciones, una pequeña colección arqueológica, y oficina con medios informáticos y reprografía.
